Jonker maakt vertrekwens bekend bij clubleiding Bayern München
Bayern laat via de officiële clubwebsite weten dat Jonker naar de clubleiding toestapte met het verzoek na dit seizoen weg te mogen. "Het valt mij niet gemakkelijk weg te gaan bij Bayern. Ik heb hier een schitterende, succesvolle tijd gekend, maar nu zoek ik voor mezelf een nieuwe uitdaging." Jonker werd als assistent van Van Gaal kampioen en bekerwinnaar in het eerste seizoen. Ook werd de Champions League-finale bereikt; die werd verloren van Internazionale.
Sportief directeur Christian Nerlinger stelt dat de clubleiding van der Rekordmeister akkoord gaat met het verzoek van Jonker. "We danken hem voor zijn verrichte werk hier. Het wordt niet vergeten dat hij onder andere Bayern naar een Champions League-plek wist te loodsen in vijf cruciale weken van het seizoen. We wensen Andries en zijn gezin het beste."
Jonkers eerste serieuze werk als trainer was jeugdbondscoach bij de KNVB. Eind jaren negentig werd hij assistent-trainer bij FC Volendam en in 2002 nam Van Gaal hem mee richting Barcelona. Van 2003 tot 2006 stond Jonker vervolgens op eigen benen bij MVV; later was hij twee seizoenen hoofdcoach van Willem II. Met het tweede van Bayern, waar ook Timothy van der Meulen (ex-Ajax), Boy Deul (ex-Willem II) en Anduele Pryor (ex-Vitesse) spelen, staat hij dertiende in de Regionalliga Süd.